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    中國科學(xué)院東北地理所在大豆突變體基因定位測序方法改良上取得重要進(jìn)展

    放大字體  縮小字體 時(shí)間:2021-06-06 10:13 來源:中國科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所 原文:
    核心提示:中國科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所大豆分子設(shè)計(jì)育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室馮獻(xiàn)忠團(tuán)隊(duì),圍繞大豆突變體功能基因定位,報(bào)道了一種稱為M2-seq的改良版WGS-BSA方法。
      隨著新一代測序技術(shù)的發(fā)展和全基因組測序(Whole Genome Sequencing, WGS)成本的不斷下降,基于WGS的分離群體分組分析(Bulk Segregation Analysis,BSA)已經(jīng)成為快速定位候選基因的常規(guī)工具,但已報(bào)道的方法依然有待完善。例如,依賴于自交系雜交的QTL-seq策略,需要后期耗費(fèi)大量精力進(jìn)行精細(xì)定位;而基于突變體的Mutmap策略,雖然不需要后期進(jìn)行精細(xì)定位,但依然需要耗費(fèi)大量時(shí)間用于突變體的自交與回交。這些方法的不足限制了大規(guī)模開展功能基因定位的效率。
     
      中國科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所大豆分子設(shè)計(jì)育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室馮獻(xiàn)忠團(tuán)隊(duì),圍繞大豆突變體功能基因定位,報(bào)道了一種稱為M2-seq的改良版WGS-BSA方法。它是一種快速有效的突變基因定位工具,僅基于M2代材料即可實(shí)現(xiàn)候選因果突變位點(diǎn)的快速定位,與以前報(bào)道的需要更高世代自交與回交的方法(例如,Mutmap)相比,在時(shí)間成本和測序費(fèi)用成本上都更具有優(yōu)勢。利用M2-seq方法,在不知道突變植株的野生型變異信息情況下,通過M2群體之間的相互比較,背景變異即可被有效地去除。此外,利用 ΔSNP-index的絕對(duì)值可以有效去除由相鄰?fù)蛔兊任换虻呐懦膺B鎖引起的突變頻率信號(hào)波動(dòng),從而有助于定位靶基因中的因果突變。本研究展示了M2-seq在10個(gè)獨(dú)立的大豆M2突變體群體中成功定位因果突變。研究表明,基于M2世代的M2-seq方法可以加速基因定位,尤其是在世代間隔較長的植物物種中。
     
      本研究以“A robust and rapid candidate gene mapping pipeline based on M2 populations”為題在國際期刊 Frontiers in Plant Science發(fā)表。東北地理所博士研究生周煌凱為論文第一作者,馮獻(xiàn)忠研究員為論文通訊作者。相關(guān)研究得到了國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃資助。
    日期:2021-06-06
     
     地區(qū): 中國
     行業(yè): 轉(zhuǎn)基因食品 食品檢測 糧油
     標(biāo)簽: 實(shí)驗(yàn) 基因 大豆
     科普: 實(shí)驗(yàn) 基因 大豆
     
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