8月19日，中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所（智能計算平臺）聯(lián)合中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）、美國加利福尼亞大學戴維斯分校、丹麥奧胡斯大學、中國農業(yè)大學等完成的雞遺傳變異-分子表型-表型關聯(lián)信息知識平臺ChickenGTEx（http://chicken.farmgtex.org）正式發(fā)布。該平臺涵蓋雞跨組織、跨性別等多維度遺傳變異調控圖譜，包含了遺傳變異、泛轉錄本分子表型及表型間的調控關系及調控效應，為雞重要經濟性狀遺傳機制解析、精準育種及人工智能表型預測提供了重要數(shù)據(jù)信息資源平臺，服務農業(yè)科技基礎研究和育種創(chuàng)新攻關。相關內容發(fā)表在《核酸研究（Nucleic Acids Research）》期刊。

 

　　聚焦畜禽重要經濟性狀機制解析缺乏足夠的精度和深度及可利用資源短缺這一難題，ChickenGTEx平臺匯聚了：1）全球123個品種2869只雞的全基因組遺傳變異；2）28個組織鑒定的5種分子表型（基因表達、可變剪接、可變多聚腺苷酸化（APA）等）；3）257個表觀基因組圖譜及基于此預測的染色質狀態(tài)和調控元件；4）9個組織191個細胞類型的單細胞基因表達譜；5）百萬級關聯(lián)分子表型的遺傳變異與調控效應；6）不同性別、組織、細胞類型的特異性調控效應；7）96386個關聯(lián)雞108個重要表型的遺傳變異及潛在分子機制。

 

　　中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所（智能計算平臺）于2025年1月投入運行，旨在賦能農業(yè)動物大數(shù)據(jù)及人工智能等領域研究，推動農業(yè)動物產業(yè)向信息化、智能化升級，實現(xiàn)資源信息化共享。牧醫(yī)所侯婭麗研究員、中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）章張研究員、奧胡斯大學房靈昭副教授為本文共同通訊作者，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）鄒東高級工程師、北京市農林科學院初芹研究員、河南中醫(yī)藥大學王瑞珍博士后、UC Davis大學管代祿博士后等為共同第一作者。數(shù)據(jù)庫展示的相關分析和結果解讀主要來源于參與文章“Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens”，于2025年4月發(fā)表在《自然·遺傳學（Nature Genetics）》上。研究獲國家重點研發(fā)計劃等項目支持。

 

　　原文鏈接：

 

　　《Nucleic Acids Research》： https://doi.org/10.1093/nar/gkaf731

 

　　《Nature Genetics》： https://www.nature.com/articles/s41588-025-02155-9

 

　　數(shù)據(jù)庫地址：http://chicken.farmgtex.org