近日，中國農(nóng)業(yè)科學院植物保護研究所作物黃萎病研究團隊與美國加州大學戴維斯分校聯(lián)合牽頭的“全球黃萎病菌基因組研究”計劃取得重要進展，搭建國際上第一個作物黃萎病菌資源和基因組數(shù)據(jù)庫（Verticilli-Omics）正式上線。用戶可在該網(wǎng)站查閱收錄的菌種資源信息、測序菌株基因組可視化展示、數(shù)據(jù)挖掘和分析等工作。
大麗輪枝菌是一種毀滅性的土傳維管束病原真菌，曾與馬鈴薯晚疫病病原并列為世界頭號檢疫對象，寄主廣泛，年均損失近百億美元。大麗輪枝菌種群結構極其復雜，然而以往研究受限于病原遺傳資源來源數(shù)量少、樣本代表面狹窄問題，導致種群結構劃分混亂、種群演化路徑不清，研究結論容易碎片化，制約了人們對該病原種群結構及其演化機制的系統(tǒng)全面理解，以及農(nóng)業(yè)生產(chǎn)實踐中對其進行分子流行監(jiān)測與防控。我院作物黃萎病研究團隊圍繞大麗輪枝菌菌種資源遺傳多樣性不足問題，與美國加州大學戴維斯分校聯(lián)合組織國內外16家單位開展協(xié)同攻關，構建了迄今為止來源國家和寄主最為系統(tǒng)、基因型最為全面的菌種資源庫，發(fā)起了“全球黃萎病菌基因組研究”計劃，完成了159株大麗輪枝菌全基因組及3624株基因組重測序工作，搭建了Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫開始線上運行。
Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫1.0版本優(yōu)先釋放了菌種資源和全基因組數(shù)據(jù)。菌種資源數(shù)據(jù)庫收錄了來源10個國家26個寄主共8102份黃萎病菌菌種資源，為迄今為止遺傳多樣性最豐富的菌種資源數(shù)據(jù)庫；全基因組數(shù)據(jù)庫釋放了159個大麗輪枝菌全基因組數(shù)據(jù)，占目前已釋放大麗輪枝菌基因組總數(shù)的85%；搭建了基因組可視化、基因組注釋信息、基因功能檢索、基因組家族聚類、基因比對、基因多樣性鑒定、致病相關基因富集等檢索和分析通道。團隊目前正在開展Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫2.0版本構建工作，將整合重測序的大麗輪枝菌基因組搭建遺傳變異組數(shù)據(jù)庫。
Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫在線將為作物黃萎病研究領域提供重要的數(shù)據(jù)資源和共享服務，同時也為合作團隊后續(xù)構建全球大麗輪枝菌種群結構參考“基線”并闡明其演化機制、建立完善的種群分子流行監(jiān)測技術體系提供重要支撐。
該研究工作得到國家重點研發(fā)計劃政府間國際科技創(chuàng)新合作重點專項（2018YFE0112500）、中國農(nóng)科院國家科技創(chuàng)新工程等資助。
Verticilli-Omics數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：https://db.cngb.org/Verticilli-Omics
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