近日，中國水產(chǎn)科學研究院黃海水產(chǎn)研究所海洋漁業(yè)資源分子生態(tài)學研究團隊成功破譯了鳀（Engraulis japonicus）染色體水平基因組，成果以“Chromosome-level genome assembly and annotation of Japanese anchovy （Engraulis japonicus）”為題發(fā)表在Scientific Data上。這是該團隊在海水魚類資源分子生態(tài)研究方向取得的又一重要成果，是基因組學技術(shù)在漁業(yè)資源生態(tài)研究的拓展應(yīng)用，為深入理解魚類資源對環(huán)境適應(yīng)的分子機制和管理海洋魚類種群提供了科學依據(jù)。

 

　　鳀是西北太平洋重要的中上層小型魚類，主要分布在我國渤、黃、東海，朝鮮半島沿海以及日本周邊海域。鳀曾是我國黃東海單一物種資源量最大的魚種，20世紀90年代年漁獲量高達百萬噸；鳀也是黃東海食物網(wǎng)關(guān)鍵種，其資源興衰直接影響到藍點馬鮫、帶魚等肉食性經(jīng)濟魚類的餌料供應(yīng)，在漁業(yè)生態(tài)系統(tǒng)食物鏈中承擔能量傳遞的“橋梁”作用，具有極高的生態(tài)價值和經(jīng)濟價值。進入新世紀以來，黃東海鳀資源急劇衰退，漁獲物低齡化、小型化現(xiàn)象明顯，群體密度日益下降，目前已難以形成漁汛。不言而喻，鳀資源的可持續(xù)利用不僅關(guān)系區(qū)域漁業(yè)經(jīng)濟，更是維護黃東海生態(tài)系統(tǒng)穩(wěn)定的關(guān)鍵所在。該團隊所發(fā)布的高質(zhì)量鳀基因組為進一步挖掘該物種的遺傳資源和研究小型中上層魚類適應(yīng)性進化以及資源高值化技術(shù)奠定數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

 

　　研究團隊采用PacBio HiFi、Hi-C技術(shù)和Illumina短讀測序技術(shù)，首次構(gòu)建了鳀的高質(zhì)量染色體水平基因組。該基因組大小為1467.6Mb，contig N50長度為456.3kb，其中1423.3MB錨定至24條染色體，覆蓋95.2%的組裝序列。BUSCO評估顯示基因組完整性高達94.07%；注釋了780.9Mb（54.9%）重復(fù)序列，重復(fù)序列中，長散在核元件（LINE）、短散在核元件（SINE）、長末端重復(fù)序列（LTR）和衛(wèi)星DNA序列分別占基因組的6.3%、0.9%、9.1%和2.7%；組裝基因組雜合度高達2.3%；預(yù)測了24,405個蛋白編碼基因，其中97.15%的功能基因獲得數(shù)據(jù)庫注釋，同時預(yù)測出23984個非編碼RNA（ncRNAs）；經(jīng)組裝準確性和連續(xù)性驗證，HiFi和Hi-C數(shù)據(jù)映射率達100%，Merqury QV值為49.74。

 

　　論文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04423-z