各有關(guān)單位：蛋白質(zhì)通常被稱為生命的基石，它們幾乎參與了細(xì)胞內(nèi)的每一個(gè)過程，包括生長、分裂和修復(fù)。蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的體現(xiàn)者，其結(jié)構(gòu)決定著功能。由線性氨基酸組成的蛋白質(zhì)需要折疊成特定的空間結(jié)構(gòu)才具有相應(yīng)的生理活性和生物學(xué)功能。解析蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)可以更準(zhǔn)確地認(rèn)識(shí)蛋白質(zhì)的功能、功能的執(zhí)行、及生物大分子間的相互作用。然而，隨著人工智能及大數(shù)據(jù)的快速發(fā)展，蛋白質(zhì)可以通過人工智能設(shè)計(jì)從而解鎖更多的功能，這在食品學(xué)、醫(yī)學(xué)和藥學(xué)的發(fā)展(如多肽、酶、藥物靶點(diǎn)的設(shè)計(jì)等）具有重要意義。因此，為了進(jìn)一步挖掘蛋白質(zhì)新功能與充分發(fā)揮人工智能在醫(yī)藥及生物領(lǐng)域的快速發(fā)展，協(xié)會(huì)決定于 2024 年 12 月 27-29 日在線上（小鵝通平臺(tái)）舉辦“第二期基于 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與智能設(shè)計(jì)專題培訓(xùn)班。”屆時(shí)將邀請(qǐng)行業(yè)內(nèi)知名專家針對(duì)相關(guān)內(nèi)容進(jìn)行講解與探討。參會(huì)名額有限，望各有關(guān)單位積極轉(zhuǎn)發(fā)或組織相關(guān)人員盡快報(bào)名參加 ?，F(xiàn)將有關(guān)事項(xiàng)通知如下 ：

　　

　　一、會(huì)議安排：

　　

　　直播平臺(tái)：小鵝通在線直播平臺(tái)

　　

　　12 月 27 日：下午 15：00-15：30 平臺(tái)網(wǎng)絡(luò)及設(shè)備測(cè)試

　　

　　12 月 28 日-29 日：上午 9：00-12：00，下午 14：00-17：00 培訓(xùn)課程（詳情參考附件一）

　　

　　

　　理論講解，實(shí)例分析，專題講授，互動(dòng)答疑

　　

　　

　　主辦單位：中國化工企業(yè)管理協(xié)會(huì)醫(yī)藥化工專業(yè)委員會(huì)

　　

　　承辦單位：中科凱晟化工技術(shù)研究院/藥成材在線直播平臺(tái)

　　

　　四、培訓(xùn)課程及專家情況（詳情參考附件一）

　　五、培訓(xùn)對(duì)象

　　

　　1.蛋白質(zhì)工程領(lǐng)域科研單位專家及學(xué)者；

　　

　　2.醫(yī)學(xué)、藥學(xué)及食品學(xué)院校及企業(yè)蛋白質(zhì)功能開發(fā)負(fù)責(zé)人；

　　

　　3.生物及化工工程領(lǐng)域從業(yè)工作者。

       六、會(huì)議費(fèi)用

　　

　　4000 元/單位，可投屏全員觀看（含 5 個(gè)直播鏈接、2 本資料、1 個(gè)月有效期回放）

　　

　　七、問題及報(bào)告征集（截止到 12 月 20 日）：

　　

　　請(qǐng)?jiān)诨貓?zhí)表問題征集欄填寫您所關(guān)注及遇到的問題，我們會(huì)及時(shí)與講師溝通，以便講師在備課時(shí)更具備針對(duì)性。

　　

　　八、聯(lián)系方式：

　　

　   第二期基于 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與智能設(shè)計(jì)專題培訓(xùn)班課程表

　　

　　12 月 27 日下午 15：00-15：30 線上測(cè)試

　　

　?。ǖ谝惶欤?2 月 28 日， 上午 9:00-12:00; 下午 14:00-17:00

　　

　　《結(jié)合 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與預(yù)測(cè)》

　　1. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的重要性、結(jié)合 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析方法與實(shí)踐（3h）；

　　

　　1.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) AI 預(yù)測(cè)軟件介紹，優(yōu)缺點(diǎn)、精度、適用條件(陳榮昌 30min)。

　　

　　1.2 AI 時(shí)代的結(jié)構(gòu)解析特點(diǎn)和流程( SPA、結(jié)晶、NMR 技術(shù)方案選擇依據(jù)，AI 帶來的便利性,基本流程介紹)--楊銀龍 60min

　　

　　1.3 AI 時(shí)代服務(wù)于結(jié)構(gòu)解析的蛋白樣品制備(程洪金 60min)

　　

　　1.3.1 表達(dá)方案制定依據(jù)、表達(dá)體系選擇、質(zhì)粒標(biāo)簽選擇。

　　

　　1.3.2 經(jīng)典案例。

　　

　　2. 結(jié)合 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、優(yōu)化途徑與實(shí)踐（3h）。

　　2.1 AI 模型對(duì)于結(jié)構(gòu)解析的幫助，帶來的好處。AI 蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)軟件使用 alphafold2 ,alphafold3 使用。

　　

　　2.2 AI 模型用于結(jié)構(gòu)解析案例實(shí)際操作（晶體 prfaH）

　　

　　2.3 AI 模型用于結(jié)構(gòu)解析案例實(shí)際操作（SPA 煙草花葉病毒）

　　

　　2.4 晶體結(jié)構(gòu)質(zhì)量的評(píng)價(jià)指標(biāo)、PDB 數(shù)據(jù)提交等數(shù)據(jù)發(fā)表

　　

　　楊老師，山東第一醫(yī)科大學(xué)碩士研究生，在蛋白表達(dá)純化，晶體培養(yǎng)和結(jié)構(gòu)解析方面擁有豐富科研經(jīng)驗(yàn)，目前在青云瑞晶擔(dān)任項(xiàng)目經(jīng)理一職。曾參與多個(gè)國家基金項(xiàng)目的申請(qǐng)和開展，學(xué)習(xí)期間主要從事細(xì)菌和病毒致病蛋白的結(jié)構(gòu)和功能研究，后續(xù)在清華大學(xué)藥學(xué)院學(xué)習(xí)藥物功能研究和真核蛋白表達(dá)純化。先后參與發(fā)表 Cell Reprot 論文 2 篇，Cancer Immunology Research 論文 1 篇，NucleicAcids Research 論文 1 篇。

　　

　　程老師，碩士畢業(yè)于天津科技大學(xué)制藥工程專業(yè)。曾就職于濰坊制藥廠、青島漢唐生物科技有限公司。全面負(fù)責(zé)蘇州青云瑞晶表達(dá)純化部門工作，主要從事重組蛋白的表達(dá)與純化工作，掌握大腸桿菌、昆蟲細(xì)胞、哺乳動(dòng)物細(xì)胞、酵母細(xì)胞等多種表達(dá)系統(tǒng)蛋白的表達(dá)，熟練掌握各種純化方式(親和純化、離子柱及分子篩純化)。熟悉整個(gè)靶標(biāo)蛋白的獲得及制備流程，從基因到蛋白表達(dá)純化，再到晶體結(jié)構(gòu)功能研究，整個(gè)領(lǐng)域不僅掌握了相關(guān)的致病機(jī)理，還從微觀原子結(jié)構(gòu)進(jìn)行解釋。累計(jì)完成 150 余個(gè)靶點(diǎn)蛋白的評(píng)估方案制定及制備，為下游結(jié)構(gòu)解析提供支持。累計(jì)交付蛋白 CRO 客戶 100+以上。熟 練 使 用 SnapGene ，Geneious，Pymol 等分子結(jié)構(gòu)相關(guān)軟件。 熟練使用 Origin，office，PS，Ai 等作圖辦公軟件。

　　

　　傅老師，畢業(yè)于美國東北大學(xué)。曾就職于默克集團(tuán)，上海維亞生物公司。現(xiàn)于青云瑞晶全面負(fù)責(zé) X-ray 晶體學(xué)結(jié)構(gòu)解析工作，有豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析經(jīng)驗(yàn),每年處理大分子晶體數(shù)據(jù) 2000+，交付精修大分子晶體結(jié)構(gòu) 500+，精通用計(jì)算機(jī)腳本搭建結(jié)構(gòu)解析管線，精通結(jié)構(gòu)解析相關(guān)軟件 phenix、coot、 CCP4、XDS、 CrysAlisPro、DIALS 及 pymol。精通 aphlafold2、aphlafold3、schrodinger、MOE 等軟件的使用。在處理多晶、孿晶、tNCS 等數(shù)據(jù)積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。精通特殊模型搭建(共價(jià)修飾)及 PDB 數(shù)據(jù)提交，成功幫助客戶提交 PDB 結(jié)晶 50+。精通 Cryosparc、relion 軟件。

　　

　　陳老師，博士，蘇州青云瑞晶生物科技有限公司，結(jié)構(gòu)生物學(xué)負(fù)責(zé)人。畢業(yè)于中國科學(xué)院生物物理研究所結(jié)構(gòu)生物學(xué)專業(yè)，師從葉克窮教授從事 RNA 蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究。從 2009 年開始蛋白質(zhì)RNA復(fù)合物的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究，有10年以上的蛋白質(zhì)表達(dá)純化及結(jié)構(gòu)解析經(jīng)驗(yàn)。在Elife、Nature Communication、Angewandte、Nucleic Acids Research 等雜志發(fā)表多篇文章。在北京大學(xué)深圳研究生院、北京生命科學(xué)研究所和北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院均進(jìn)行過研究工作。在北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院博士后工作期間，解析了重要疾病靶點(diǎn)和小分子的結(jié)構(gòu)，積累了豐富經(jīng)驗(yàn)。

      （第二天）12 月 29 日， 上午 9:00-12:00;

       下午 14:00-15:30《數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的功能蛋白挖掘與工程化》1.3h

　　

　　9：00-10：10

　　

　　1. 數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的合成生物學(xué)技術(shù)。

　　

　　2. 基因編輯工具的介紹。

　　

　　3. 工具酶的挖掘與改造。

　　

　　4. 蛋白材料的設(shè)計(jì)與改造。

　　

　　姚老師，浙江大學(xué)杭州國際科創(chuàng)中心“百人計(jì)劃”研究員，合成生物學(xué)研究所副所長。聚焦數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的基因編輯技術(shù)、蛋白設(shè)計(jì)與進(jìn)化技術(shù)，基于遺傳多樣性的暗物質(zhì)挖掘與進(jìn)化技術(shù)，并應(yīng)用于生物醫(yī)藥和化學(xué)工程等領(lǐng)域。共主持科研項(xiàng)目 13 項(xiàng)（包括國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃課題，國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目等6項(xiàng)國家級(jí)項(xiàng)目），共發(fā)表SCI論文50篇。近5年，以通訊作者在Nature Chemical Biology,Advanced Functional Materials 等期刊發(fā)表 SCI 論文 30 篇。申請(qǐng)國家發(fā)明專利 10 件。聯(lián)合國內(nèi)醫(yī)藥上市公司和領(lǐng)軍企業(yè)實(shí)現(xiàn)技術(shù)產(chǎn)業(yè)化 1 項(xiàng)。擔(dān)任 Science 合作期刊 BioDesign Research 編委等學(xué)術(shù)職務(wù)。

       《人工智能在酶蛋白設(shè)計(jì)中的應(yīng)用》1.7h

　　

　　10：20-12：00

　　

　　1. 開場(chǎng) (10 分鐘)：概述課程涵蓋的工具及其在蛋白質(zhì)工程中的重要性

　　

　　2. 工具概覽及安裝 (15 分鐘)

　　

　　(1) 介紹將使用的工具：簡要介紹 ESM 模型、ProteinMPNN、MutCompute、MLDE、CLADE 等

　　

　　(2) 工具的獲取與安裝：如何下載和安裝這些工具、基本的系統(tǒng)要求和配置注意事項(xiàng)

　　

　　3. 使用蛋白質(zhì)語言模型 (20 分鐘)

　　

　　(1) ESM 模型使用基礎(chǔ)：如何配置和啟動(dòng) ESM 模型、輸入數(shù)據(jù)的格式和準(zhǔn)備

　　

　　(2) 實(shí)作演示：演示如何用 ESM 預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)

　　

　　4. 基于結(jié)構(gòu)優(yōu)化算法的設(shè)計(jì) (20 分鐘)

　　

　　(1) ProteinMPNN 和 MutCompute：基本工作流程和使用場(chǎng)景

　　

　　(2) 實(shí)作演示：通過案例展示如何用 ProteinMPNN 進(jìn)行蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)、運(yùn)用 MutCompute 優(yōu)化酶的活性和穩(wěn)定性

　　

　　5. 監(jiān)督學(xué)習(xí)算法在酶工程中的應(yīng)用 (20 分鐘)

　　

　　(1) MLDE 和 CLADE 概述：講解核心原理、應(yīng)用范圍、基本工作流程

　　

　　(2) 實(shí)作演示：演示如何通過 MLDE 進(jìn)行酶功能優(yōu)化、CLADE 的實(shí)際使用案例

　　

　　6. 結(jié)尾與問答環(huán)節(jié) (15 分鐘)

　　

　　(1) 總結(jié)工具使用技巧

　　

　　? 歸納不同工具的最佳使用場(chǎng)景和優(yōu)劣勢(shì)

　　

　　(2) 互動(dòng)問答

　　

　　? 解答學(xué)員在工具使用過程中的常見問題。

　　

　　于老師，男，浙江大學(xué)“百人計(jì)劃”研究員，博士生導(dǎo)師，浙大杭州國際科創(chuàng)中心合成生物學(xué)研究所副所長。本科、碩士畢業(yè)于天津大學(xué)，博士畢業(yè)于英國倫敦大學(xué)學(xué)院。主要研究方向包括蛋白質(zhì)工程、酶分子智能設(shè)計(jì)等，在 PNAS，Angew Chem Int Edit 等期刊發(fā)表 40 余篇論文，授權(quán)發(fā)明專利 5 項(xiàng)，主持及承擔(dān)國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“合成生物學(xué)”重點(diǎn)專項(xiàng)、浙江省尖兵領(lǐng)雁項(xiàng)目等。擔(dān)任英國皇家化學(xué)學(xué)會(huì)會(huì)員，中國生物工程學(xué)會(huì)合成生物學(xué)分會(huì)青年工作組委員等，兼任 BioDesign Research 期刊青年編委，Science Advances, Nature Communications, ACSCatalysis 等雜志審稿人。

      《基于 AI 的酶蛋白元件之改造與設(shè)計(jì)》1.5h

　　

　　14:00-15:30

　　

　　1. 無監(jiān)督蛋白改造及案例解析；

　　

　　2. 基于小樣本的蛋白改造及案例解析；

　　

　　3. 蛋白從頭設(shè)計(jì)及案例解析；

　　

　　廖老師，中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所研究員。主要圍繞工業(yè)生物大數(shù)據(jù)智能分析展開研究，開發(fā)核心的數(shù)據(jù)庫、算法和工具。構(gòu)建糖基轉(zhuǎn)移酶數(shù)據(jù)庫 pUGTdb、大腸桿菌代謝調(diào)控圖譜 ERMer等系列數(shù)據(jù)庫；發(fā)展新一代蛋白功能預(yù)測(cè)算法 HDMLF、酶挖掘與評(píng)估工具 REME 等系列 AI 算法。近年來在 Nucleic Acids Research、Science Advances、Molecular Plant、Research 等國內(nèi)外高水平期刊發(fā)表文章 50 余篇，引用 2000 余次。主持基金委交叉重點(diǎn)專項(xiàng)、中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)專項(xiàng)課題等多項(xiàng)國家級(jí)、省部級(jí)項(xiàng)目。

      報(bào)名聯(lián)系：胡老師  18153592317（微信同號(hào)）