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    河南農(nóng)業(yè)大學(xué)科研團(tuán)隊(duì)在國(guó)際上首次報(bào)道雞泛基因組研究并鑒定出控制雞生長(zhǎng)性狀主效基因的致因突變

    放大字體  縮小字體 時(shí)間:2021-08-03 16:25 來源:河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 原文:
    核心提示:日前,河南農(nóng)業(yè)大學(xué)康相濤教授團(tuán)隊(duì)與澳大利亞西澳大學(xué)等單位合作,構(gòu)建了首個(gè)雞泛基因組,并解析了影響雞生長(zhǎng)性狀主效基因IGF2BP1的致因突變。
      日前,河南農(nóng)業(yè)大學(xué)康相濤教授團(tuán)隊(duì)與澳大利亞西澳大學(xué)等單位合作,構(gòu)建了首個(gè)雞泛基因組,并解析了影響雞生長(zhǎng)性狀主效基因IGF2BP1的致因突變。7月30日,該研究成果在國(guó)際著名期刊Molecular Biology and Evolution(IF=16.24),以Article形式在線發(fā)表。
     
      家雞是世界上最早馴化的動(dòng)物之一。多項(xiàng)證據(jù)表明家雞是由紅原雞的一個(gè)亞種馴化而來,但其它原雞屬(灰原雞、綠原雞和黑尾原雞)也對(duì)家雞存在基因滲入現(xiàn)象。因此,家雞不僅僅從紅原雞進(jìn)化而來,而是多個(gè)原雞混合形成的品種。而現(xiàn)在家雞的參考基因組僅從一只紅原雞測(cè)序組裝而來,當(dāng)前的參考基因組(GRCg6a)不能夠覆蓋所有家雞的遺傳變異。同時(shí),近年來研究發(fā)現(xiàn)大量的表型變異是由基因組結(jié)構(gòu)變異導(dǎo)致的,因此,構(gòu)建雞的泛基因組,不僅可以完善雞基因組,而且可捕獲更多的結(jié)構(gòu)變異,用來解析表型變異的遺傳基礎(chǔ)。
      該研究共使用了868只雞的二代測(cè)序數(shù)據(jù)。其中,359只雞的數(shù)據(jù)來自河南農(nóng)業(yè)大學(xué)家禽種質(zhì)資源場(chǎng)于2003年建立的固始-安卡雞F2代資源群以及保存的固始雞、淅川烏骨雞保種群,509只雞的數(shù)據(jù)來源于公共數(shù)據(jù)庫?;?ldquo;Reference-based Iterative Mapping and Assembly ”方法,利用664只雞的數(shù)據(jù)構(gòu)建了首個(gè)雞的泛基因組,發(fā)現(xiàn)有~66.5 Mb的序列在目前參考基因組中不存在。全基因組PAV(Presence/Absence variation)分析發(fā)現(xiàn):選擇、雜交和遺傳漂變因素均可以重塑群體的PAV特征。另外,PAV-GWAS 和功能研究發(fā)現(xiàn),IGF2BP1基因啟動(dòng)子區(qū)存在著L1和L2兩種突變類型,與雞多個(gè)生長(zhǎng)/體尺性狀顯著相關(guān),并對(duì)相關(guān)數(shù)量性狀的表型方差貢獻(xiàn)很大。
     
      長(zhǎng)期以來,康相濤教授團(tuán)隊(duì)一直致力于地方雞遺傳資源保護(hù)與利用研究。本項(xiàng)研究構(gòu)建的泛基因組,將為我國(guó)地方雞生長(zhǎng)性狀形成的遺傳機(jī)制解析、資源鑒定和保護(hù)利用提供重要的理論指導(dǎo);首次解析的位于27號(hào)染色體上影響雞生長(zhǎng)性狀主效基因IGF2BP1的致因突變的分子標(biāo)記,將為我國(guó)“十四五”規(guī)劃中的種業(yè)振興,破解種業(yè)“卡脖子”問題,提供重要的技術(shù)支撐!
     
      河南農(nóng)業(yè)大學(xué)康相濤教授、李文婷副教授和澳大利亞西澳大學(xué)David Edwards教授為論文的通訊作者。河南農(nóng)業(yè)大學(xué)青年教師王克君博士和西澳大學(xué)胡海飛博士為論文的第一作者。該研究得到了教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)(IRT16R23)、國(guó)家自然基金青年基金項(xiàng)目(31902144)和中原學(xué)者科學(xué)家工作室專項(xiàng)基金(30601985)的資助。
     
      論文鏈接:
     
      https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab231/6332014
    日期:2021-08-03
     
     
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