中國科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所研究員馮獻(xiàn)忠課題組等選擇1份東北野生大豆、7份我國代表性栽培種，結(jié)合平均50×的三代測(cè)序和Hi-C測(cè)序，組裝了高質(zhì)量大豆參考基因組。組裝的8個(gè)大豆基因組大小范圍為986.1-1001.3Mb，Contig N50=1.4-6.1Mb，BUSCO完整性評(píng)估為96.7%-97.3%；結(jié)合同源注釋、從頭注釋、轉(zhuǎn)錄組輔助注釋，在8個(gè)大豆中注釋得到57286-58392個(gè)基因。
基于8個(gè)高質(zhì)量的大豆基因組，研究團(tuán)隊(duì)鑒定到186-427萬個(gè)SNP，44-92萬個(gè)InDel，11750-25330個(gè)大的InDel，706-3006個(gè)易位事件，200-413個(gè)倒位事件。在野生大豆中鑒定到60個(gè)栽培大豆中缺失或變短的基因，以及野生大豆種質(zhì)缺失或變短卻在栽培中存在的185個(gè)基因。
相關(guān)研究成果以Eight soybean reference genome resources from varying latitudes and agronomic traits為題，發(fā)表在Scientific Data上。該研究為大豆結(jié)構(gòu)變異與遺傳育種研究提供了新的參考基因組。研究工作得到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中科院重點(diǎn)研究項(xiàng)目、山東省“泰山學(xué)者”項(xiàng)目等的資助。
圖1.8個(gè)測(cè)序大豆品種
圖2.8個(gè)測(cè)序大豆品種基因組差異比較
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