日前，青島農(nóng)業(yè)大學(xué)在扇貝育種研究方面再次取得重要進(jìn)展，海洋科學(xué)與工程學(xué)院王春德教授課題組與合作單位成功完成海灣扇貝北部亞種和南部亞種基因組的測序和分析，相關(guān)研究成果在線發(fā)表在Nature旗下開源期刊Scientific Data上。此前，王春德課題組已完成紫扇貝基因組的測序和組裝，紫扇貝和海灣扇貝兩個亞種基因組的成功測序，為從分子水平解析海灣扇貝屬扇貝及其雜交后代的生長、抗逆性、育性和壽命等重要性狀的決定機制及分子育種，打下了基礎(chǔ)。論文通訊作者為青島農(nóng)業(yè)大學(xué)王春德教授，第一作者為浙江海洋大學(xué)劉曉教授。
海灣扇貝屬（Argopecten）是原產(chǎn)于美洲的雌雄同體型扇貝，大部分種類分布在北大西洋沿岸，其中海灣扇貝北部亞種（A. irradians irradians）和海灣扇貝南部亞種（A. irradians concentricus，又稱墨西哥灣扇貝）已由張福綏院士分別于1982年和1991年由美國引進(jìn)我國，成為我國北方和南方海域主要扇貝養(yǎng)殖品種。紫扇貝是唯一分布于南太平洋沿岸的海灣扇貝屬種類，2007年由王春德教授課題組首次從秘魯引進(jìn)我國。近年來，課題組通過將紫扇貝與海灣扇貝兩個亞種分別進(jìn)行雜交，成功培育出一系列生長優(yōu)勢極其顯著的雜交扇貝新品種（品系），其中扇貝“渤海紅”、“青農(nóng)2號”和“青農(nóng)金貝”已獲得國家水產(chǎn)新品種證書，成為我國北方的主要扇貝養(yǎng)殖品種，并在福建、廣西和廣東等南方海域養(yǎng)殖成功。
課題組利用二代和三代測序相結(jié)合的方法測序并組裝了海灣扇貝兩個亞種的基因組，其中北部亞種獲得253.17 Gb的原始數(shù)據(jù)，組裝出835.7Mb的基因組，占海灣扇貝北部亞種估計基因組大小996.07的83.9%，其contig N50和scaffold N50分別為78.54 kb 和1.53 Mb，預(yù)測的蛋白編碼基因數(shù)量為26777個。獲得南部亞種測序數(shù)據(jù) 272.97Gb，組裝出的基因組大小為874.82 Mb，占南部亞種估計基因組大小974.30的89.79%，其contig N50和scaffold N50分別為63.73 kb和1.25 Mb，預(yù)測的蛋白編碼基因數(shù)為 25,979個。系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示，海灣扇貝兩個亞種先聚為一支，然后與蝦夷扇貝聚為一支，再與其他雙殼類聚為一支，然后再與腹足綱物種聚類。兩個海灣扇貝亞種的分歧時間為26.4百萬年，與蝦夷扇貝的分歧時間為85.9百萬年前。
該成果由青島農(nóng)業(yè)大學(xué)聯(lián)合浙江海洋大學(xué)、中國科學(xué)院煙臺海岸帶研究所等單位共同完成。
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https://doi.org/10.1038/s41597-020-0441-7
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