在土壤中，植物的根系除了固著植物并作為吸收水分和營養(yǎng)的器官以外，還是微生物聚集棲息和繁衍的場所。這些微生物及其相互關(guān)系統(tǒng)稱為根系微生物組。這些根系微生物伴隨著植物的整個生長周期，幫助植物吸收營養(yǎng)、抵抗病害和適應(yīng)脅迫環(huán)境。亞洲栽培稻 （Oryza sativa L.）主要分為秈稻和粳稻兩個亞種。相比粳稻，秈稻通常表現(xiàn)出更高的氮肥利用效率。已有研究表明，秈稻中的一些基因如NRT1.1B的自然變異在提高秈稻氮肥利用效率中起著非常重要的作用。然而，水稻秈粳亞種間根系微生物組成是否影響其氮肥利用效率仍不清楚。

 

　　中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所白洋課題組與儲成才課題組合作，通過比較田間生長的68個秈稻和27個粳稻品種，發(fā)現(xiàn)秈稻和粳稻形成了顯著不同的根系微生物組。秈稻根系富集的微生物組的多樣性明顯高于粳稻，且根系富集微生物組的特征可以作為區(qū)分秈粳稻的生物標(biāo)志。有意思的是，秈稻根系比粳稻富集更多與氮循環(huán)相關(guān)的微生物類群，從而具有更加活躍的氮轉(zhuǎn)化環(huán)境，這可能是導(dǎo)致秈稻氮肥利用效率高于粳稻的重要原因之一。通過遺傳學(xué)實驗發(fā)現(xiàn)，NRT1.1B的缺失和秈粳間的自然變異顯著影響水稻根系微生物組，而這些微生物大部分具有與氮循環(huán)相關(guān)的功能。因此，水稻通過NRT1.1B調(diào)控根系具有氮轉(zhuǎn)化能力的微生物，從而改變根際微環(huán)境，進(jìn)而影響秈粳稻田間氮肥利用效率。

 

　　研究者通過改進(jìn)后的高通量微生物分離培養(yǎng)和鑒定體系，成功分離培養(yǎng)了水稻根系70%的細(xì)菌種類，建立了首個系統(tǒng)的水稻根系細(xì)菌資源庫。利用水稻根系細(xì)菌資源庫人工重組了秈稻和粳稻特異富集菌群，發(fā)現(xiàn)秈稻富集菌群比粳稻富集菌群能夠更好地促進(jìn)水稻在有機(jī)氮條件下的生長，進(jìn)一步證實了秈稻與粳稻氮肥利用效率的差異與根系微生物組有關(guān)。

 

　　該項研究不僅揭示了水稻亞種間根系微生物組與其氮肥利用效率的關(guān)系，證明了NRT1.1B在調(diào)控水稻根系微生物組的關(guān)鍵作用；更為重要的是，建立了第一個水稻根系可培養(yǎng)的細(xì)菌資源庫，為研究根系微生物組與水稻互作及功能奠定了重要基礎(chǔ)，同時也為應(yīng)用有益微生物、減少氮肥的施用奠定了基礎(chǔ)。該項研究成果于4月29日在線發(fā)表于《自然-生物技術(shù)》雜志（Nature Biotechnology，doi: 10.1038/s41587-019-0104-4）。白洋組博士后張婧贏、工程師劉永鑫、博士生張娜，儲成才組副研究員胡斌和華大基因的金桃為共同第一作者，儲成才和白洋為共同通訊作者。該研究得到中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項、前沿科學(xué)重點研究項目、國家自然科學(xué)基金面上項目和中科院微生物組項目的支持。