近日，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所特色淡水魚(yú)健康養(yǎng)殖創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)聯(lián)合北京康普森農(nóng)業(yè)科技有限公司，利用CAGT?靶向捕獲測(cè)序技術(shù)，成功研發(fā)出具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的羅非魚(yú)50 K液相育種芯片-“羅芯Ⅰ號(hào)”。

 

　　羅非魚(yú)是我國(guó)優(yōu)勢(shì)特色淡水養(yǎng)殖品種，也是出口創(chuàng)匯的重要水產(chǎn)品。當(dāng)前產(chǎn)業(yè)面臨種質(zhì)混雜、無(wú)乳鏈球菌病高發(fā)、耐低氧與耐鹽能力不足、體色不穩(wěn)定等瓶頸，亟需精準(zhǔn)的種質(zhì)鑒定與高效選育。研發(fā)專(zhuān)用基因芯片、運(yùn)用現(xiàn)代分子育種技術(shù)，已成為破解上述難題、加速新品種培育的重要路徑。

 

　　“羅芯Ⅰ號(hào)”整合525尾尼羅羅非魚(yú)的基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)，經(jīng)嚴(yán)格質(zhì)控后保留50 890個(gè)高質(zhì)量SNP，其中890個(gè)為經(jīng)GWAS、KASP及SNPshot驗(yàn)證的功能性位點(diǎn)，覆蓋無(wú)乳鏈球菌、海豚鏈球菌和羅湖病毒病抗性、耐低氧、耐鹽、體色、游泳性能及生長(zhǎng)等性狀。此外，該芯片還整合了776條DNA指紋圖譜重測(cè)序數(shù)據(jù)，通過(guò)內(nèi)置40個(gè)高分辨率SNP，可準(zhǔn)確區(qū)分我國(guó)國(guó)內(nèi)養(yǎng)殖的尼羅羅非魚(yú)、奧利亞羅非魚(yú)、薩羅羅非魚(yú)、莫桑比克羅非魚(yú)、以色列紅羅非魚(yú)、中國(guó)臺(tái)灣地區(qū)紅羅非魚(yú)等6個(gè)品種及7個(gè)選育品系。

 

　　驗(yàn)證結(jié)果顯示，“羅芯Ⅰ號(hào)”位點(diǎn)平均檢出率達(dá)97.6%，重復(fù)樣本分型一致率99.8%，具有基因組覆蓋全面、檢測(cè)成本低、分型準(zhǔn)確率高、穩(wěn)定性好等優(yōu)勢(shì)。該芯片可應(yīng)用于羅非魚(yú)種質(zhì)資源鑒定、遺傳多樣性評(píng)估、基因定位與挖掘鑒定、全基因組關(guān)聯(lián)分析、分子輔助定向改良和基因組育種等不同場(chǎng)景，為羅非魚(yú)遺傳研究和品種選育提供高效基因型鑒定工具。利用該芯片，將來(lái)可進(jìn)一步研發(fā)低密度芯片，降低選育成本，助力羅非魚(yú)全基因組選育和良種創(chuàng)新研究，為羅非魚(yú)種質(zhì)資源保護(hù)與評(píng)估、全基因組選擇育種、重要經(jīng)濟(jì)性狀功能基因挖掘和新品種培育發(fā)揮重要作用，顯著加速新品種選育進(jìn)展。

 

　　“羅芯Ⅰ號(hào)”的研制得到國(guó)家特色淡水魚(yú)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系育種技術(shù)與方法崗位（CARS-46）、廣東省級(jí)鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略專(zhuān)項(xiàng)資金種業(yè)振興項(xiàng)目等資助。