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    菊苣、苦菊、牛蒡和雪蓮果參考基因組發(fā)布

    放大字體  縮小字體 時間:2022-07-09 11:11 來源:中國農業(yè)科學院深圳農業(yè)基因組研究所 作者: 馬昕怡   原文:
    核心提示:近日,中國農業(yè)科學院深圳農業(yè)基因組研究所農業(yè)宏(育種)基因組學創(chuàng)新團隊發(fā)布了菊苣、苦菊、雪蓮果參考基因組,更新了牛蒡基因組,明確了這些物種的分歧時間和近期多倍化事件,對推動菊科植物基因組學基礎研究、進一步解析果聚糖代謝分子調控網絡具有重要意義,相關成果發(fā)表在《分子生態(tài)資源(Molecular Ecology Resources)》。
      近日,中國農業(yè)科學院深圳農業(yè)基因組研究所農業(yè)宏(育種)基因組學創(chuàng)新團隊發(fā)布了菊苣、苦菊、雪蓮果參考基因組,更新了牛蒡基因組,明確了這些物種的分歧時間和近期多倍化事件,對推動菊科植物基因組學基礎研究、進一步解析果聚糖代謝分子調控網絡具有重要意義,相關成果發(fā)表在《分子生態(tài)資源(Molecular Ecology Resources)》。
     
      果聚糖是菊科植物的重要儲能物質,果聚糖不能被人體消化吸收,卻能被腸道益生菌利用,常被廣泛用作甜味劑、膳食纖維和益生菌等,市場前景廣闊。然而,由于缺乏菊科植物的基因組數(shù)據資源,對果聚糖代謝基因與調控機制的了解還不深入。研究團隊利用PacBio CCS(HiFi)三代測序、自主開發(fā)的scaffolding工具EndHiC等技術構建了菊苣、苦菊、牛蒡、雪蓮果染色體水平參考基因組。發(fā)現(xiàn)果聚糖代謝酶基因在菊苣、苦菊和牛蒡基因組中為單拷貝,而在雪蓮果基因組存在兩個拷貝,這與雪蓮果特有的全基因組復制(WGD-3)相關。果聚糖聚合度差異主要取決于1-FFT酶的底物選擇性,預測1-FFT酶蛋白空間結構并比較種間差異,確定了催化轉移反應的關鍵活性位點,探討了果聚糖聚合度的影響因素和調控機制。該研究進一步解析雪蓮果特有的近期基因組多倍化時間和方式,并揭示影響植物果聚糖聚合度與產量的關鍵基因及其表達調控機制,為菊科植物的育種提供科學支持。
     
      該研究得到中國農業(yè)科學院科技創(chuàng)新工程、深圳市重點實驗室基金等項目的資助。
     
      原文鏈接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13675
    日期:2022-07-09
     
     
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