小粒咖啡（Coffea arabica）隸屬于茜草科（Rubiaceae），是一種多年生的重要經(jīng)濟作物。隨著全球?qū)μ厣Х刃枨蟮娘@著增加，開發(fā)市場需求高的咖啡品種是必不可少的，埃塞俄比亞作為小粒咖啡基因庫的主要來源，其種質(zhì)資源具有很高的價值，可用于培養(yǎng)優(yōu)良性狀的品種。基因組重測序可以促進分子育種，且通過重測序分析產(chǎn)生的標記有助于推進傳統(tǒng)作物育種方法，進而縮短開發(fā)新品種所需的時間。因此在咖啡中開發(fā)和使用基因組重測序可以促進具有優(yōu)良性狀的品種的培育。

 

　　武漢植物園研究人員與埃塞俄比亞研究人員通過合作研究，利用Illumina測序技術對埃塞俄比亞生物多樣性研究中心Choche種質(zhì)庫中的90份咖啡種質(zhì)材料進行了基因組重測序，得到了974萬SNP和134萬InDel。同時利用全基因組SNP標記進行系統(tǒng)發(fā)育分析，分析發(fā)現(xiàn)這些咖啡種質(zhì)聚為四個主要大的分支，每個大的分支中包含若干小的分支，其聚類方式與種質(zhì)資源的地理來源高度關聯(lián)；本研究中發(fā)現(xiàn)的SNPs可能與咖啡中咖啡因含量、產(chǎn)量、疾病和害蟲等重要農(nóng)藝性狀的重要基因通路的變異有關，可能是寶貴的新等位基因變異來源，可以被利用來推進咖啡基因組研究和種質(zhì)改良。

 

　　該研究成果以“Whole-genome resequencing of Coffea arabica L. （Rubiaceae） genotypes identify SNP and unravels distinct groups showing a strong geographical pattern” 為題發(fā)表在國際植物學期刊BMC Plant Biology上。武漢植物園埃塞俄比亞籍博士研究生Yeshitila Mekbib為論文第一作者，本研究由武漢植物園王青鋒研究員和胡光萬研究員共同指導完成。研究工作得到湖北省重點研發(fā)計劃（2020BHB022）、國家自然科學基金（31961143026,31970211）、中國科學院國際合作計劃（151853KYSB20190027）以及中國科學院中-非聯(lián)合研究中心項目（SAJC202101）的支持。

 

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