本站消息 近日，國際知名期刊Molecular Plant在線發(fā)表了來自云南農(nóng)業(yè)大學董揚教授課題組題為“VitisGDB: The Multifunctional Database for Grapevine Breeding and Genetics”的研究論文（DOI:https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.05.002），標志著我國在葡萄屬植物功能基因組學數(shù)據(jù)庫建設方面取得重要進展。該成果為植物學家開展葡萄屬植物比較基因組學分析與葡萄遺傳育種提供了有力的在線分析工具。
葡萄是世界上最古老的果樹樹種之一，葡萄（Vitis vinifera ssp.vinifera）是葡萄屬中栽培最多的水果作物，該屬還含有約60種可育的野生種。在世界溫帶地區(qū)的原生棲息地中，北美約有28種野生葡萄品種，東亞約有30種野生葡萄種類。盡管葡萄栽培在人類歷史中具有重要的文化意涵及經(jīng)濟價值，但大規(guī)?；蚪M遺傳變異數(shù)據(jù)的缺乏導致無法解析其馴化傳播歷史，也嚴重阻礙了葡萄的性狀改良。
VitisGDB的構建和功能介紹
隨著全球越來越多葡萄屬植物基因組的陸續(xù)解析，及相關重測序、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等高通量數(shù)據(jù)的積累，研究者迫切需要一個能夠整合基因組、遺傳變異數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組和表型組等多層次數(shù)據(jù)的比較工具，對葡萄屬的特定生物學特征或基因家族的基因序列、結構等進行比較分析。為此，董揚教授和盛軍教授、中科院植物研究所李紹華教授合作，共同構建了首個葡萄屬植物基因組學網(wǎng)站-VitisGDB（http://vitisgdb.ynau.edu.cn/）。截至目前，VitisGDB共收錄了葡萄屬7個物種共22個基因組組裝結果；收錄并處理了包括1641個重測序數(shù)據(jù)以及相應的表型信息；預測鑒定出9395萬個單核苷酸變異位點（SNP）以及9.7萬個基因共線性關系。通過整合多種可視化組件與基因組在線比較工具，該數(shù)據(jù)庫將不同類型的數(shù)據(jù)有機整合到了一起，為用戶提供了友好的數(shù)據(jù)檢索、下載和在線分析服務。論文在同行評議中，國際著名葡萄研究工作者給予極其高度的評價，認為該數(shù)據(jù)庫是葡萄遺傳資源領域類目前最全面和易用的數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)的上線，是我國葡萄遺傳資源的首個原創(chuàng)性數(shù)據(jù)庫，為葡萄這種“一帶一路”典型作物的協(xié)同研究提供了重要的工具。
云南生物資源保護與利用國家重點實驗室研究董揚教授團隊董笑和陳瑋教授為論文共同第一作者，盛軍教授和李紹華教授為論文的共同通訊作者。該工作得到了云南省農(nóng)業(yè)廳的項目資助。
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