組蛋白乙?；鳛榈鞍踪|(zhì)翻譯后修飾，主要由組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶（Histone acetyltransferase, HAT）和組蛋白去乙?；福℉istone deacetylase, HDAC）動(dòng)態(tài)調(diào)控，并且受生物細(xì)胞中乙酰CoA代謝水平的影響。乙酰CoA作為一種反映細(xì)胞能量狀態(tài)的重要中間代謝產(chǎn)物，主要是由糖酵解途徑中的檸檬酸裂解酶（ATP citrate lyase, ACL）裂解檸檬酸產(chǎn)生。近期研究表明，ACL調(diào)控乙酰CoA的水平可以介導(dǎo)H3多個(gè)位點(diǎn)（H3K9/14/27）的乙酰化修飾狀態(tài)進(jìn)而在肌細(xì)胞分化中起著重要調(diào)控作用。然而，代謝酶ACL是如何維持細(xì)胞微環(huán)境中局部乙酰CoA濃度以及參與組蛋白乙?；揎椪{(diào)控的，目前還不是特別清楚。

 

　　近日，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)作物遺傳改良全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、湖北洪山實(shí)驗(yàn)室水稻團(tuán)隊(duì)周道繡教授課題組在國(guó)際期刊Nature Communications在線發(fā)表了題為“ACL and HAT1 form a nuclear module to acetylate histone H4K5 and promote cell proliferation”的研究論文，揭示了植物細(xì)胞中能量代謝與表觀遺傳修飾調(diào)控細(xì)胞分裂的分子機(jī)制。

 

　　為了探究能量代謝中間產(chǎn)物乙酰CoA對(duì)組蛋白修飾的調(diào)控，作者利用CRISPR/Cas9技術(shù)創(chuàng)建了對(duì)水稻ACL A家族成員的突變體。表型考察發(fā)現(xiàn)，acla2胚和胚乳發(fā)育遲緩、胚乳游離核的數(shù)目顯著減少，同時(shí)根分生組織區(qū)細(xì)胞數(shù)目減少。這表明A，CLA2的功能缺失阻滯了早期胚乳和根分生組織區(qū)的細(xì)胞分裂進(jìn)程。為了一步探究ACL的活性是否會(huì)影響組蛋白乙?；髡邔?duì)acla2突變體進(jìn)行了乙酰CoA含量測(cè)定，結(jié)果顯示，細(xì)胞核中乙酰CoA水平顯著降低并導(dǎo)致組蛋白H3K14 和H4K5位點(diǎn)的乙酰化修飾水平顯著下降。這表明ACLA2突變會(huì)通過(guò)降低細(xì)胞核中乙酰CoA濃度進(jìn)而影響組蛋白特異位點(diǎn)的乙酰化修飾水平。

 

　　ACLA2是否能夠通過(guò)選擇性調(diào)控組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶的酶活進(jìn)而參與特定位點(diǎn)的組蛋白乙?；揎椪{(diào)控？作者通過(guò)酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)篩選到與ACLA2相互作用的組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶HAT1（HAG704），并通過(guò)一系列生化實(shí)驗(yàn)也證實(shí)在水稻體內(nèi)的互作。接著創(chuàng)建了hag704單突以及hag704 alca2雙突變材料，表型考察顯示hag704具有與acla2類似的種子發(fā)育缺陷和根生長(zhǎng)異常，且雙突變體也呈現(xiàn)出與單突變體相似的特征。這表明二者共同參與了胚乳及根分生組織區(qū)細(xì)胞分裂的調(diào)控。為了進(jìn)一步解析ACLA2和HAG704相互作用的分子機(jī)制，Western Blot及體外酶活實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)HAG704特異的調(diào)控組蛋白H4K5和H4K16位點(diǎn)乙?；褹CLA2通過(guò)與HAG704互作促進(jìn)了HAG704在H4K5位點(diǎn)的酶活。轉(zhuǎn)錄組和CUT&Tag數(shù)據(jù)分析也表明HAG704和ACLA2共同調(diào)控了胚乳游離核中大量相同基因組位點(diǎn)的H4K5ac修飾水平，其中包括淀粉或葡萄糖生物合成以及其他能量代謝基因。此外，細(xì)胞周期分析結(jié)果表明ACLA2和HAG704介導(dǎo)的H4K5位點(diǎn)的乙?；彩荄NA復(fù)制所必需的。

 

　　綜上所述，該研究揭示了水稻中檸檬酸裂解酶ACL與組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶HAG704之間的相互作用機(jī)制，并發(fā)現(xiàn)它們?cè)谔囟ɑ蚪M區(qū)域中建立和維持乙酰輔酶A濃度，進(jìn)而調(diào)控組蛋白乙?；图?xì)胞分裂。這一發(fā)現(xiàn)拓展了我們對(duì)代謝酶參與表觀修飾調(diào)控的認(rèn)識(shí)，并揭示了植物細(xì)胞中能量代謝與細(xì)胞分裂之間復(fù)雜的耦合機(jī)制，為進(jìn)一步探索能量代謝和組蛋白乙酰化在植物生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控中的作用機(jī)制提供了重要線索。

 

　　本研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金創(chuàng)新群體項(xiàng)目、重點(diǎn)項(xiàng)目和青年項(xiàng)目的資助，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院、湖北省洪山實(shí)驗(yàn)室和作物遺傳改良全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室徐秋濤博士和博士研究生岳亞萍為論文共同第一作者，周道繡教授為文章通訊作者，趙毓教授也參與本研究工作。

 

　　英文摘要：

 

　　Acetyl-CoA utilized by histone acetyltransferases （HAT） for chromatin modification is mainly generated by ATP-citrate lyase （ACL） from glucose sources. How ACL locally establishes acetyl-CoA production for histone acetylation remains unclear. Here we show that ACL subunit A2 （ACLA2） is present in nuclear condensates, is required for nuclear acetyl-CoA accumulation and acetylation of specific histone lysine residues, and interacts with Histone AcetylTransferase1 （HAT1） in rice. The rice HAT1 acetylates histone H4K5 and H4K16 and its activity on H4K5 requires ACLA2. Mutations of rice ACLA2 and HAT1 （HAG704） genes impair cell division in developing endosperm, result in decreases of H4K5 acetylation at largely the same genomic regions, affect the expression of similar sets of genes, and lead to cell cycle S phase stagnation in the endosperm dividing nuclei. These results indicate that the HAT1-ACLA2 module selectively promotes histone lysine acetylation in specific genomic regions and unravel a mechanism of local acetyl-CoA production which couples energy metabolism with cell division.

 

　　原文鏈接：

 

　　https://www.nature.com/articles/s41467-023-39101-4#peer-review