近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)資源與農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究所肥料及施肥技術(shù)團(tuán)隊(duì)完成首個(gè)豆科綠肥紫云英染色體水平參考基因組組裝，為紫云英分子育種和遺傳改良提供了信息資源。利用比較基因組學(xué)解析紫云英共生結(jié)瘤的遺傳基礎(chǔ)，為豆科植物與根瘤菌共生提供了新的見解。相關(guān)研究成果發(fā)表在國(guó)際植物科學(xué)期刊《Plant Communications》上。

 

　　紫云英（ Astragalus sinicus ）又名紅花草、翹搖等，原產(chǎn)于中國(guó)，屬于豆科黃耆屬作物。主要分布于中國(guó)、韓國(guó)、日本等東亞國(guó)家，是我國(guó)南方最重要的綠肥作物/覆蓋作物。利用冬閑稻田種植紫云英能夠增產(chǎn)節(jié)肥、合理利用光熱資源及改善生態(tài)環(huán)境，是維持和提高稻田可持續(xù)生產(chǎn)力的有效手段。紫云英也可作為牧草、蜜源、蔬菜、中藥等綜合利用。由于缺乏基因組信息，紫云英的遺傳學(xué)及共生固氮研究遠(yuǎn)落后于其他豆科作物。

 

　　研究團(tuán)隊(duì)運(yùn)用第三代PacBio、二代Illumina技術(shù)及高通量染色體捕獲技術(shù)進(jìn)行全基因組測(cè)序，基因組全長(zhǎng)595 Mb，Contig N50為1.41 Mb，Scaffold N50為78.42 Mb；有575 Mb基因組序列被定位到8條染色體上，掛載率高達(dá)96.66%?；蚪M中含有59.84%的重復(fù)序列，紫云英LTR的數(shù)量和長(zhǎng)度明顯擴(kuò)增，導(dǎo)致紫云英基因組擴(kuò)增。在進(jìn)化過程中，紫云英與蝶形花亞科共有的全基因組復(fù)制事件中保留了關(guān)鍵的共生結(jié)瘤基因。查耳酮合成酶（chalcone synthase, CHS）基因在紫云英等豆科物種中顯著擴(kuò)增，且在紫云英根部富集表達(dá)，從空間上為紫云英成功結(jié)瘤提供了必要的類黃酮信號(hào)（圖1）。紫云英、苜蓿、大豆中R基因在根系中的表達(dá)高于根瘤，R基因在根系中的富集可能增強(qiáng)了根部的免疫，彌補(bǔ)共生過程中植物防御的減弱（圖2）。

 

　　中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)資源與農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究所常單娜博士為論文的第一作者，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)資源與農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究所曹衛(wèi)東研究員、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所賈繼增研究員和中國(guó)科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心王二濤研究員為論文的共同通訊作者。本研究得到財(cái)政部和農(nóng)業(yè)農(nóng)村部：國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系（綠肥，CARS-22），中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程，國(guó)家作物種質(zhì)資源庫綠肥分庫 （NCGRC-2021-19） 的資助。

 

　　原文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.xplc.2021.100263

 

　　【引文方式】：Danna Chang, Songjuan Gao, Guopeng Zhou, Shuhan Deng, Jizeng Jia*, Ertao Wang*, Weidong Cao*. The chromosome-level genome assembly of Astragalus Sinicus and comparative genomic analyses provide new resources and insights for understanding legume-rhizobial interactions. Plant Communications. doi.org/10.1016/j.xplc.2021.100263