近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所谷曉峰團(tuán)隊(duì)和合作者繪制了單子葉模式植物水稻首個(gè)根組織單細(xì)胞分辨率轉(zhuǎn)錄組圖譜，為研究植物細(xì)胞類型特化、功能和進(jìn)化提供了新的途徑。相關(guān)結(jié)果發(fā)表在國際學(xué)術(shù)期刊《分子植物（Molecular Plant）》上。

 

　　在植物整個(gè)生命過程中，根尖在不斷地分化發(fā)育，形成的根系從土壤中吸收水分和礦質(zhì)元素，參與植物與生物或非生物信號(hào)的互作，并起到固定植株的作用。但是，植物根系的發(fā)育及與環(huán)境互作的分子機(jī)制還知之甚少。研究人員對(duì)兩個(gè)水稻栽培亞種粳稻Nip（Oryza sativa L. japonica. cv. Nipponbare, geng）和秈稻93-11（Oryza sativa L. indica. cv. 93-11, xian）10,968和12,564個(gè)根尖細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序和分析，鑒定出8個(gè)細(xì)胞型。對(duì)Nip和93-11每種細(xì)胞型差異表達(dá)基因進(jìn)行功能富集分析，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)基因與環(huán)境響應(yīng)有關(guān)，不同水稻亞種在受到外部環(huán)境刺激時(shí)響應(yīng)機(jī)制存在差異。

 

　　研究人員隨后對(duì)水稻單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行擬時(shí)分析，繪制了根最外層細(xì)胞的發(fā)育軌跡，來自兩個(gè)栽培品種的單細(xì)胞軌跡顯示高度一致的擬時(shí)順序，表明不同亞種之間發(fā)育軌跡的保守性。進(jìn)一步結(jié)合已發(fā)表的雙子葉模式植物擬南芥根尖單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集進(jìn)行了對(duì)比分析，這是首次在單細(xì)胞水平進(jìn)行植物組織器官進(jìn)化分析，發(fā)現(xiàn)擬南芥和水稻大部分細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄組之間差異較大，只有根毛細(xì)胞相關(guān)性較高，進(jìn)而從單細(xì)胞水平上闡釋了單/雙子葉植物根系類型分化的遺傳基礎(chǔ)。

 

　　生物所谷曉峰研究員和德國海德堡大學(xué)Jan U. Lohmann為論文通訊作者，該工作得到了國家重大專項(xiàng)、央級(jí)公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)、中國農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程項(xiàng)目資助。

 

　　原文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205220304457