植物phasiRNA（phased，secondary，small interfering RNA）是由一些22nt miRNA誘導，依賴RDR6，最終由特定DCL蛋白對雙鏈RNA連續(xù)切割形成具有相位分布的次級小RNA。禾本科植物生殖發(fā)育階段的花藥中大量表達21nt和24nt的phasiRNA，分別由miR2118和miR2275誘導。phasiRNA合成通路關鍵基因的突變均影響水稻花粉育性，研究發(fā)現(xiàn)，與兩系法雜交水稻密切相關的光敏不育位點pms1和pms3也是phasiRNA的產(chǎn)生位點，這說明這些小RNA在水稻生殖發(fā)育過程中發(fā)揮了重要作用。然而，學界尚不清楚這些phasiRNA的作用方式、靶位點和產(chǎn)生位點的進化規(guī)律。
中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所研究員陳明生課題組長期從事稻屬的比較基因組學研究。近期，研究人員通過比較分析五個具有代表性的稻屬物種中的phasiRNA位點（PHAS），結合高通量的小RNA和降解組測序分析，發(fā)現(xiàn)了大量新的PHAS位點，其中大部分來自非編碼的基因間區(qū)。研究指出，局部區(qū)域的串聯(lián)重復是PHAS位點在基因組中擴張的主要方式，并造成其成簇分布；PHAS位點的序列在物種間快速分化，序列不保守，僅在miR2118或miR2275的識別位點受到強的選擇，PHAS的分布位置在近緣物種間相對保守。此外，具有5‘尿苷（U）的21nt-phasiRNA傾向于在PHAS前體處介導順式切割，這些切割位點在近緣物種中也發(fā)生了顯著變化。miR2118可在其自身的天然反義轉(zhuǎn)錄本中誘導產(chǎn)生phasiRNA，并且產(chǎn)生的這部分phasiRNA具有反向調(diào)節(jié)miR2118前體的潛在作用。根據(jù)上述結果，研究人員推測，這些生殖相關的phasiRNA的起始合成過程相對保守，而phasiRNA產(chǎn)物在物種間迅速分化，缺乏保守的作用位點，phasiRNA的產(chǎn)生過程受到多種反饋調(diào)節(jié)機制的交互作用。
相關研究成果在線發(fā)表在New Phytologist上。陳明生課題組已畢業(yè)博士田鵬為論文第一作者。陳明生和美國唐納德丹弗斯植物科學中心教授Blake C. Meyers為論文的共同通訊作者。研究工作得到國家自然科學基金、植物基因組學國家重點實驗室的支持。
（A）PHAS序列在物種間快速分化，位置相對保守；（B）miR2118在其天然反義轉(zhuǎn)錄本誘導產(chǎn)生phasiRNA
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