近日，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所淡水蝦遺傳育種于凌云研究團(tuán)隊(duì)在羅氏沼蝦基因組解析領(lǐng)域取得重要進(jìn)展。其研究成果以 “A high-quality chromosome-level genome assembly and annotation of the giant freshwater prawn （Macrobrachium rosenbergii）” 為題，正式在線發(fā)表于國(guó)際知名專業(yè)期刊《Scientific Data》（JCR 1區(qū)）。該研究由于凌云副研究員和劉海洋博士共同擔(dān)任第一作者，王亞坤博士和朱新平研究員為共同通訊作者。
羅氏沼蝦作為全球重要的商業(yè)淡水蝦品種，憑借肉質(zhì)細(xì)膩、味道鮮美、營(yíng)養(yǎng)豐富的特點(diǎn)廣受市場(chǎng)青睞。近年來，我國(guó)羅氏沼蝦養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)規(guī)模持續(xù)擴(kuò)大，2023 年養(yǎng)殖產(chǎn)量已近 20 萬噸。然而，疾病頻發(fā)、種質(zhì)退化等瓶頸問題嚴(yán)重制約了產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。在此背景下，開展羅氏沼蝦精準(zhǔn)遺傳改良，培育兼具多種優(yōu)良性狀的復(fù)合型新品種，以滿足日益增長(zhǎng)的品質(zhì)需求，成為突破產(chǎn)業(yè)發(fā)展瓶頸的關(guān)鍵路徑。但長(zhǎng)期以來，由于缺乏高質(zhì)量的基因組資源，羅氏沼蝦的種質(zhì)改良工作整體進(jìn)展相對(duì)遲緩。
針對(duì)這一難題，于凌云研究團(tuán)隊(duì)運(yùn)用 PacBio HiFi 長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序及 Hi-C 等先進(jìn)技術(shù)，成功攻克了羅氏沼蝦基因組高雜合度、高重復(fù)序列占比以及大基因組規(guī)模組裝等技術(shù)難題，最終繪制高質(zhì)量的羅氏沼蝦基因組圖譜。該基因組大小為 2.96 Gb，其中 94.37% 的序列已成功錨定到 59 條染色體上，并鑒定得到 27,111 個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，完成 25,470 個(gè)基因的功能注釋。此研究是繼成功構(gòu)建 “臻珠 1 號(hào)” 羅氏沼蝦 200K 育種芯片和指紋圖譜等成果后取得的又一突破，不僅為羅氏沼蝦功能基因組學(xué)研究和分子育種工作提供了基因資源，更為推動(dòng)羅氏沼蝦種質(zhì)創(chuàng)新、加速產(chǎn)業(yè)高質(zhì)量發(fā)展奠定了堅(jiān)實(shí)的技術(shù)支撐。
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